CNC-jyrsinkoneen peruskäyttöprosessi sisältää tyypillisesti virran kytkemisen, palautuksen referenssipisteeseen, ohjelman syöttämisen, työkappaleen kiinnityksen, työkalun säädön, koneistuksen ja virran katkaisun. Käytön aikana on noudatettava turvatoimenpiteitä, kuten asianmukainen pukeutuminen ja hätäpysäytyspainikkeen oikea käyttö.
CNC-järjestelmän ohjauspaneeli koostuu yleensä CRT-näytöstä, MDI-paneelista ja työstökoneiden ohjauspaneelista. Ohjelmointi on olennainen taito CNC-jyrsinkoneen käyttämisessä, käsittäen sekä manuaalisen että automaattisen ohjelmoinnin.
CNC-työstökoneissa, kuten koneistuskeskuksissa, nousujyrsinnästä on tullut alan -vakioleikkausmenetelmä sen pidemmän käyttöiän ja vähemmän tärinän ansiosta.
Leikkausparametrien valinnassa on noudatettava tiettyjä periaatteita: rouhinta pyrkii korkeaan metallinpoistonopeuteen, kun taas viimeistelyssä korkea pinnanlaatu. Tärkeimmät parametrit, kuten leikkausnopeus Vc ja pöydän syöttönopeus F, voidaan laskea kaavoilla.